受傷的乘客指稱事發前曾聽到爆炸聲，救難團隊上午在駕駛艙主要殘骸50公尺外，發現航班的被撞掉的機輪，研判飛機飛行姿態改變前，可能開啟起落架的機輪先撞及當地民宅屋頂，造成機體翻轉墜毀，爆炸與火光，可能源自第一個撞擊點。

飛安會上午動員11人到失事現場調查，並帶回兩個黑盒子判讀。飛安會執行長王興中表示，目前任何情況都不能排除，最快5天到1周會有初步調查結果。

王興中指出，調查分飛航操作、機務維修、生還因素、航管、天氣與氣象等，也會在現場量測，昨晚找到的兩具黑盒子，下午就會帶回台北解讀。由於航機撞擊力量大，黑盒子有相當程度的損傷，需花一些時間處理與乾燥後，才會取出解讀，希望資料不會損毀。

王興中說，這架飛機是由法國設計、製作，法國事故調查人員與飛機製造廠商共7人，明天會搭機到台灣，加拿大的發動機廠商代表，明天也會到達台灣，預計周六就會加入調查團隊。沈啟說，復興航空GE-222航班昨天晚間7時要求降落時，馬公機場能見度為1600公尺，飛機要求落地是OK的。

民航局飛航安全組副組長易心莊表示，出事的復興航空班機，昨天下午5時43分由高雄起飛後，約晚間6時許飛抵馬公機場上方，因能見度太低，在馬公上空盤旋約1小時，晚間7時塔台認為機場能見度達約1600公尺，符合降落標準，呼叫班機進場。

但晚上7時6分飛機降落過程中，駕駛連續呼叫兩次「Go-Around」，塔台接獲後7時7分按照程序同意，但呼叫時沒得到回覆，改由高雄機場控制台呼叫時也沒有回音，7時8分按警鈴通報消防單位。民航局資料顯示，雷達最後出現班機高度是330英呎，後來飛機就消失在跑道前端1000公尺處。