空軍司令部說，當晚空軍因防颱，未戰備，馬公跑道不歸空軍管制，18時30分，馬公作戰指揮中心接獲馬公機場塔台提出申請，要求讓民航班機由20跑道改為02跑道降落；馬公基地18時32分，通知在駐場的荊元武，荊回以要找氣象單位匯報當時天候。18時35分荊接獲高雄近場台李姓督導致電手機，聲明取消先前的降落需求。

高雄與馬公塔台人員否認說，每年4月到9月，空軍在馬公實施天駒計畫，更換跑道權由空軍管制，當晚李姓督導是以軍線直接溝通，不斷要求讓包括GE222等兩航班，由北向南的20跑道，改為由南往北有儀降系統的02跑道，遭荊拒絕。

塔台人員還原當晚情況表示，18時30分馬公有立榮647與復興222兩架班機，兩機機長評估天候惡劣，跑道能見度800呎，向馬公塔台要求，希望將原慣例向20跑道降落，改為02跑道降落。

航管人員透露，馬公塔台隨即向荊申請，遭拒絕；只好電告高雄台李姓督導，要求其代向荊溝通。李透過軍線，18時35分向荊元武，再度提出申請，荊元武稱，「不信有人要用02來降，現在尾風這麼大，不能用02」。

塔台人員指稱，李持續要求改跑道逆風降落無果，雙方對話高雄塔台皆製成抄件，已送交飛安會。

航管人員說，失事當晚18時25分，空軍駐馬公氣象中隊，提供給民航單位氣象資料，除了氣候惡劣、風速大外，地面跑道能見度僅800呎。18時40分，李向荊申請改跑道降落後，能見度調整為1600呎，直至19時仍維持1600呎，傳出復興航班疑似墜機後的19時10分，能見度即又被調整回800呎。

航管人員說，在能見度數據變化的過程間，氣候惡劣指數卻全然相同，不見氣候轉好，但能見度卻能上上下下，啟人疑竇。