民航局指出，壹週刊報導非事實，當時機長確實有提出換跑道要求，民航局須跟軍方確認，未獲回覆前，機長看20跑道能見度轉好選擇降落20跑道去，並未拒絕機長請求，待飛安會公布黑盒子通話紀錄可還原事實。

由於飛機需逆風起降，23日當天澎湖馬公吹西南風，飛機應走由北向南的20跑道，若順風降落02跑道將更危險。當天下午2時到晚間7時，GE222之前的17架班機都由20跑道進場。