對民航局只要求國籍航空機師要全面酒測，引發部分國籍航空公司機師不滿，質疑台灣出發的外籍航班機師不必酒測，飛安兩套標準。民航局官員表示，依國際民航組織規範，各國航空器及航空人員由各自民航局規定，但若外籍航空機師於執勤前有異狀，我國民航局仍可進行抽檢。

一個月內接連有遠航、華航機師航站接受抽測，酒精濃度超標；民航局原先計畫提高國籍航空公司自測率至五成，會是全世界最嚴格，但在立委的要求下將提高至100%，預計6月上旬實施再檢討。民航局之前已令遠航及華航對所屬機師100%酒測，至少三個月。

對全面性的100%自測酒測新政，華航、虎航說會全力配合；長榮則表示，4月起長榮及立榮已自主提高自測率從三成多至五成，將採購儀器符合新規範。從台灣出發的國內線或亞洲區域航線，會在機師當日第一趟任務自測，新購儀器也會放到外站。

民航局飛航標準組長林俊良指出，現行業者自測要使用經國家標準局檢驗的精密器材，需列印結果、雙方簽字，每人施測時間2-3分鐘，尖峰時段上百名機師受測十分耗時，若提前報到，在工時規定下，機師可飛行時數將減少，會牽連到排班。

民航局要求5月10日前業者提可行作法，例如向國外採購簡易但敏感度高的酒測儀器。民航局說，盼能符合外界的期待並加諸專業考量，另會要求加強外站的抽檢密度，現行所有外站加起來抽測率三成。

航空業者私下表示，民航局這樣的要求是宣誓性作法，強迫100%酒測是浪費資源，機師自律是最重要的。相關人士也說，機師是高薪職業，應該受人尊重，100%酒測不是現代的管理方式。