綜合日媒報導，當時班機在9月5日12點返回機場，檢查後就發現部分渦輪葉片已有受損，出現長達30公分的破損，原本研判應是受到鳥擊，但檢查引擎時並沒有在內部發現鳥屍、血跡、羽毛等痕跡，也沒有鳥擊後的臭味，於是朝發動機故障進一步檢查。

日本航空在6日時對引擎內部做詳細檢查，才發現有200多枚渦輪葉片受損，不是從根部斷裂，就是出現破裂痕跡，另外在渦輪機蓋上出現長4公分、寬0.5公分的小洞，主翼的一部分也出現刮痕。

日本航空指出，發生事故的發動機是由美國製造，在2009年裝上機體，到目前為止的檢查及直到飛行前，都沒有發現任何異狀。不過日本國家運輸安全委員會認為，此事件是足以造成飛安事故的重大事件，已派出3位調查官前往羽田機場，調查事發原因。