日前大陸啟用接近臺灣海峽中線的M503北向航路，及另3條M503轉接航路，其中，W122及W123分別靠近馬祖與金門，民航局指出，大陸未依據民國104年3月兩岸協議，航路啟用前先溝通，航管可能有衝突疑慮。

民航局長林國顯表示，翔安機場距離金門機場更近，未來啟用前，兩岸若未事先協商，對航管衝擊可能更大，民航局已將相關資料提報陸委會；但目前兩岸民航單位無法對話，只能從週邊間接取得資料。

目前，從衛星圖上可以看到興建中的翔安機場，位在大嶝島與小嶝島之間，部分採填海造陸，比現在的高崎機場更靠近金門機場。不排除未來翔安機場啟用後，可能會規劃銜接臺灣目前往金門的W6航路。

因無法取得翔安機場跑道資料，也不清楚翔安機場未來航線規劃，從飛安考量，機場啟用前，無論航線管制協調及航管搭配，兩岸民航技術部門一定要坐下來談。根據民航局掌握資料，翔安機場102年底開始填海工程，原預計後年啟用，現在可能延遲。