大陸1月4日宣布啟用M503北向及3條W航路後，已有162班陸籍航班飛行，每當有航班出現在相關航路上，我方航管人員便會透過專線，要求陸方通知該架飛機離去，而陸方航管人員有時會回應M503是國際民航組織（ICAO）核可的航路，有時則僅說「知道了」或「收到」，雙方依上級指示完成對話，等到下一班飛機經過，相同戲碼又再上演一次，顯示大陸無協商之意。

民航局表示，M503等4條航路目前仍是未經溝通、確認的航路，排除任何可能潛在的飛安疑慮，是航管人員的天職，一旦兩岸溝通、確認航路啟用後的航管作業模式，不僅可確保此區域飛航安全，亦能大幅降低航管人員的工作負擔。

有航空界人士認為，民航局可對飛上M503的業者祭出砍航班、不予增班或不給時間帶等手段。

民航局強調，任何方式都會納入考慮，至於兩岸春節加班機，並沒有受到M503爭議的影響，目前有我方3家（長榮、華航、華信）與陸方7家業者提出申請，國籍業者共申請105班，陸籍業者申請375班，總計480班。

長榮與華航昨上午9時同時開賣兩岸春節加班機票，長榮從2月9日至2月27日，加開桃園－上海浦東、高雄－上海浦東共29班次；華航則從2月8日至2月27日，加開台北－上海浦東、高雄－上海浦東、台北－廣州、台北－深圳、台北－寧波、台北－南京、台北－徐州，共69班次。