興航所屬ATR72-500型機、GE222航班（國籍編號B-22810），當日晚間7時6分抵達澎湖馬公機場進場降落時，於20跑道頭附近的西鄉西溪村墜毀，造成嚴重死傷。

飛安會調查報告第160頁「事故航班未遵守作業程序情形」，記載飛航組員未執行馬公機場進場提示，持續下降，低落至不足以確保飛航安全，進場亦未按照公司標準作業程序執行各項檢查表，若有按照進場程序，並依民航局頒布的失誤進場程序實施重飛，可避免事故。

飛安會另邀請法國航空器失事調查局、加拿大運輸安全委員會、美國國家運輸安全委員會、ATR飛機公司、加拿大普惠公司、美國漢威公司、國防部及民航局、興航等參與調查，綜合事實資料及分析結果，發現可能肇因有飛航操作及天氣因素外，另就飛航操作、航空公司安全管理、其他調查發現等方面亦列舉相關缺失，並提出改善建議。

民航局則於同年8月11日檢查興航，發現有安全管理系統、飛航操作品質保證系統、駕駛員訓練考驗標準、駕駛員年度訓練與考驗、非精確進場程序、組員資源管理及組員疲勞管理等7大項14小項缺失，均與飛航安全及飛航作業管制有關。

綜上，民航局認為，馬公空難主因為正、副駕駛員未遵守標準作業程序操作及天候突然變化，而復興ATR機隊對於不遵守標準作業程序操作，具有容忍度，換言之，對於常態性之程序違規，已習以為常，這與興航未落實飛航組員之組員資源管理訓練、標準操作程序訓練、未善盡安全管理之責有關，依法裁罰並命立即改善。

北高行合議庭表示，飛行具有高度風險性，不容絲毫失誤，因此有標準作業程序確保飛航組員操作在可預測、一致及安全的模式下進行。而空難駕駛員有嚴重操作疏失，與興航未善盡安全管理之責間，有因果關係。

合議庭指出，興航違反管理義務，造成多人傷亡，罹難者家屬痛失至親，傷者復健漫長痛苦，重創我國民航安全形象，原裁罰無誤，判興航敗訴；可上訴。