日本近期內受到天災襲擊，「燕子」颱風侵襲重創大阪，而大阪是國內旅客最喜歡去的主要城市，北海道6日凌晨3時8分也發生芮氏規模6.7強震，震源深度37公里，兩天災皆造成多人傷亡，當地陸空交通大亂，由於日本為國人常去的旅遊國家，國內航空業的也緊急進行班機調整。

華航表示，9月5日至9月11取消桃園、台南、高雄-大阪來回航班，9月6日至9月7日桃園、高雄-札幌來回航班取消。因應旅客需求，9月5日至9月11日東京（成田）、高松及名古屋等航班放大機型派飛，截至目前已載約3,000多名旅客往返台日。

另外，9月8日加開桃園-東京（成田）來回航班及9月9日加開桃園-名古屋來回航班及，札幌的部分則視機場狀況，放大機型協調加班機，且提供旅客簽轉日本其他航點返回目的地（不收手續費及票價差），全力協助旅客疏運。

長榮航空已於桃園-成田及桃園-福岡航線放大為777機型以為因應，載運旅客回台；另外，長榮航空桃園-札幌的航班，目前為每日兩班，因地震影響，札幌新千歲機場關閉，目前安排放大為A330機型改由函館進出以疏運旅客；針對未來航班規劃,須待關西機場及新千歲機場實際復原狀況,再行評估。