交通部觀光局官員低調表示，他們並不了解停飛原因，有請香港辦事處人員與香港快運溝通過，至於外傳是因為地勤費用過高，官員說，是有聽聞地勤費用高一點，但實際原因不好揣測。交通部官員說，香港快運這條包機航線載客率在八、九成，載客率雖高，但因票價較低，不易獲利，這應是他們不想再飛的主因。

據指出，為鼓勵外籍航空公司飛航定期航線以外的航班，特別是到松山、桃園以外的各個機場，藉以刺激地方觀光，觀光局訂有推動境外包機旅客來台獎助辦法，去年底香港快運（HK Express）以定期包機方式直飛香港─花蓮航線，只要每周至少兩班、連續飛滿四個月，就可獲得420萬元補助。

初期香港快運每周營運兩班，今年初增加至每天一班往返，2月花蓮發生強震，載客率大幅下滑，自7月1日起減為每周四班，不過據花蓮航空站統計，除地震發生後的2月及3、4月載客率偏低外，其餘月份載客率都在84%至99%間，今年平均有八至九成載客率，載客狀況良好。

花蓮航空站分析其客源發現，港澳客占61%、台灣旅客有兩成、大陸旅客有11%、近8%為外國旅客，顯示其客源主要來自香港、澳門，客源相當穩定。但香港快運於官網表示，停飛該航線以完善分配企業資源達致更佳營運效益。

據指出，香港快運這期申請的包機補助期間，是從8月1日起至11月30日止，若10月27日停飛，因未連續飛滿四個月， 觀光局的420萬元補助費用將不會核發。