據兩岸空運協議規定，飛航兩岸的航空公司每周共可飛航890班，但因很多航點屬於二、三線城市，台商與觀光客並不多，所以57個開放定期航線的航點中，有揚州、海拉爾、延吉、西寧、喀什等五個城市沒有業者飛航，部分航點則因受到季節性因素影響，班次同樣不多，所以馬政府執政時，至多一周飛航670多班，一般一周約飛航640至670班之間。

2016年蔡英文總統上任後，兩岸關係陷入冰凍期，陸客受到政治氛圍不佳開始縮減，迫使航空公司採取減併班方式因應，2016年兩岸每周還平均航班還有650班，但隨著陸客團銳減，自由行旅客成長有限，2017年兩岸平均每周只飛航578班，等於一個星期就減了72班。

以一架次客機載運170位旅客計算，一班來回是兩架次、一周就少了144架次，等於一年就砍了114.2萬餘個座位數。難怪航空、飯店、遊覽車、免稅店、各式賣店等觀光相關產業營業大受影響。

而在兩岸每周飛航的班次中，陸籍航空航班數明顯多於我國籍航班，去（2018）年我國籍航空平均每周飛航253班，陸籍航空則是飛354班，足足多出101班；春節加班機狀況亦復如此，去年陸籍航空春節期間加開382班，但我國籍航空僅增飛54班，僅為陸籍航空公司的七分之一。

交通部官員分析，我在大陸的台商及其眷屬，以及就業的民眾估計有上百萬，為了往返便利，且陸籍航空常有不定期的便宜機票，所以台灣民眾也常搭乘陸籍航空，自然陸籍航空飛航的班次會較多。