中央流行疫情指揮中心指揮官、衛福部長陳時中在今天下午記者會表示，必須以防疫優先、弱勢優先為原則，但雙方在執飛航空公司、防疫措施等都無法達成共識，更批評中國方面用各種理由拖延，對此感到「無法理解，高度遺憾。」國台辦暴怒反批「台獨比病毒更毒」。

相關人士表示，第二批包機破局後，陸方運用各種方式施壓，為了有必要讓國人了解情況，陳時中於是在晚間說明此事。

這位人士指出，在完成第一次輸運之後，陸方在2月4日提出於2月5、6日各執行兩班次加班機，等於是4個班次，總計載運890位台灣民眾返台。我方隨即告知對方，第一次輸運的名單，與我方建議弱勢優先原則有很大落差，造成我方防疫缺口及民眾疑慮，後續應有更嚴謹的作業及充分協調、準備，防疫強度也要加強，無法答應對方要求。

不過，陸方除了一再質疑我方「收容能量有限」的說法，旅客人數更增加到979人，載運班次又多增加1班成為5班，並強調，「只要快速完成加班機運送，就可以可解決旅客載運優先順序的問題。」

我方經過內部評估及討論後，考量防檢疫的能量等因素，在2月9日明確告知對方，我方將派華航執行下一個航次的輸運任務，並會提供海基會所彙整的優先載運旅客名單，強調提升防檢疫的相關部署。

相關人士透露，在第一次輸運時，我方經過瞭解發現，陸方並未依照我方要求進行防檢疫，更研判陸方現在疫情吃緊，「連試劑都沒有」，上機時僅有少數人有測量額溫，多數人匆忙上機，過程相當驚險。因此，政府擬定由華航進行輸運任務後，防疫中心規畫一組12名醫護防疫人員，包括3名醫生，9名護理人員同行，以確保在登機、飛行期間，防疫與人員照料能夠嚴謹周全。

陸方收到後，一度令我方喜出望外。相關人士說，陸方當時要求我方盡速提供名單，並告知承運航空公司航班計畫及擬執行時間。我方將已彙整需優先上機的121人的名單給陸方。

豈料，對方卻突然變掛，並堅持東方航空執行輸運任務，並要求一次載回979人。該人士表示，「一次載回」就是以5個班次，在一天或最多兩天內，把近千名國人送回台灣，換言之，陸方又回到起先的主張。

我方政府高層認為，第一次的模式，已引發國人的不滿與質疑，若這次還比照之前，防疫風險將增加數倍之高，也會造成兩岸間不必要的誤會，因此仍堅持既定立場，並確立在華航接回任務完成後，再行檢討後續的作業。不過，陸方相應不理，令我方交涉人員相當遺憾。