據悉，第二批包機，兩岸一度在2月9日達成初步共識，由華航包機，並依我方提出弱勢優先原則的121名國人帶回，不料，中方日前突然變卦，堅持東方航空執行輸運任務，要求輸運979人回台、載運班次從一班增為5班，已增加兩岸協商的難度，目前我方仍在尋求解套。

中國國台辦發言人馬曉光昨則痛批，包機破局的「真相」就是台灣「滿口謊言」，台灣提出華航接運的方案才是節外生枝。他還點名「台灣防疫機構負責人」冷血、信口雌黃、說的完全是謊言。對此，陸委會表示，衛福部長陳時中前天在中央流行疫情指揮中心記者會，已說得很清楚，陸委會沒有其他補充。

由於第二批包機觸礁，台商圈傳出，若包機沒有具體進展，不排除向當地台辦提出需求，可經較近的廈門、上海機場，以「散客」、「化整為零」方式，自行搭機回台，回台後只要居家檢疫14天即可，不過，此舉恐增加台灣防疫壓力。