我國航空公司營運的航空客運市場，僅剩東南亞與越太平洋航線未受14天隔離限制，航空貨運業務也成為航空公司最大營運支柱。因應此一局勢，華航已啟動30名機師轉訓為747全貨機機師，以因應全貨機增加飛時的需求；但因17日開始自歐洲入境台灣需居家檢疫14天，如果政府對機組員不能另訂管理辦法，很快機師就會不夠派遣。

航空客運業績一落千丈，民航局的統計資料顯示，過去一周（3月8日到14日）國際線應飛5,878架次（單趟），實飛2,071架次，航班取消率64.77％；載客人次18.03萬，與去年12月每周112.60萬人次相較，減幅高達83.99％，也就是僅剩一成六旅客。其中，像日本疫情雖未列為第三級警示，但是過去一周應飛1,509架次，實飛582架次，航班取消率61.43％，旅客人次3.63萬，較去年12月平均值減86.71％。

由於6成以上空運貨載原本仰賴客機機腹運送，現在艙位嚴重不足，華航18架全貨機運力全開，目前華航全貨機加上4架747客機共有22架該型機，客貨機機師採混派方式，以每架客機需要8組16名機師輪值來算，華航目前約有352名747機師。

由於疫情爆發後，隨著客機航班減少，貨機航班數也逐漸增加，華航已啟動30名機師轉訓為747機師計畫，但因歐洲27國被列為三級疫區，本月17日起從歐洲入境台灣需要居家檢疫14天，如果疾管署對於機組員並能另訂管理辦法，機師轉訓需要3、4個月，接下來就會出現長程線機師不足問題。

民航局16日已彙整航空業者意見轉報疾管署，希望允許兩大航透過對機組員加強防護裝備、在歐洲搭乘的車輛、旅館住宿條件與行動約束等，允許機組員免受14天居家檢疫限制，否則連貨機運作都有可能停擺。