本月19日起，所有從國外入境者都要居家檢疫14天，指揮中心並宣布將要求民航局及航空公司落實「國籍航空公司實施機組人員防疫健康管控措施作業原則」，但其後不公布該作業原則。

本報獨家取得18日決議的作業原則，內容爲航空公司保留極大的解釋空間、沒有要求排班間隔五天，甚至明文允許隔離檢疫期間因公外出。消息來源指出，指揮中心為了安民心，掩蓋機組員頻繁入出境卻沒有完整14天居家檢疫的防疫破口，又要回應航空公司的施壓，所以對社會大眾說明時隨時添加各種但書，卻遲不公布一致標準，導致空服員夾在航空公司和指揮中心兩方不一致的說法之間，無所適從。

這份「國籍航空公司實施機組人員防疫健康管控措施作業原則」，是3月18日指揮中心邊境檢疫組第三次工作會議，邀集華航、長榮、交通部、衛福部、內政部移民署、警政署、航警局，討論「豁免我國航空公司機組員入境第三級警示地區回台需居家檢疫14日案」的結果。

作業原則包括組員「防疫健康管控措施」和「防疫管理確保措施」兩大部分，前者的第六項，就是備受觸目和爭議的「返台後防疫措施」。其中第二點明定：組員返台後依照疾管署在機場提供之「入境健康聲明書」辦理，並留在居所不得外出，直到最近一次任務返台14天後解除，由組員向航空公司確認解除。「惟前述14天期間非執行航空公司所指派之公務或為執行生活必要所需之活動（不應進入人潮擁擠處所）不得外出』。

正式文件明明是寫原則上都要居家檢疫14天，但可以因公或生活所需可外出，但18日當天的記者會，指揮中心強調，只要整個流程符合指揮中心要求的「全隔離」防疫標準，可以不用居家檢疫14天，以確保人員健康並維持公司營運。

到了25日指揮官陳時中又說，機組員如果很快又要飛，不用隔離14天，但至少要5天。當天疾管署外部部會的新冠肺炎問答集，民航局的部分隨即更改，把原本不用14天、可因公外出的規定改成「希望下次排班儘量最少要有5天以上」。

26日有媒體詢問華航內部公告提到可因公外出，副指揮官陳宗彥嚴厲回答已立即與華航、長榮重申務必遵守規定，並以要求民航局落實督導。然而指揮中心目前有白紙黑字的規定就是容許因公外出。

桃園市空服員職業工會副秘書長周聖凱表示，各種規定一改再改、指揮中心說一套、航空公司說一套，已經令空服員無所適從，甚至恐因資訊錯亂而無端受罰。本報消息來源表示，指揮中心為航空公司量身打造防疫漏洞，威脅機組員的健康，最後是航空公司訂定各種辦法以懲罰組員。