針對航空業機組員，指揮中心規定結束勤務後至少間隔5天就可繼續執勤，但在同一航班上的旅客回國卻要居家檢疫14天，遭媒體質疑標準不一。指揮中心副指揮官陳宗彥表示，民航局訂定的「國籍航空公司實施機組人員防疫健康管理措施作業原則」還有需要修改的地方，將等收到後盡快公布。

陳宗彥：『機組員的那個原則，因為他們送來疫情指揮中心，我們認為還需要再去修正，所以希望民航局他們要把它完成修正，那我們就等它修正完過來。』『公司要去負責督導，民航局要去督導公司。』

指揮中心發言人莊人祥表示，希望航空公司對機組員的健康監測，比照里長對居家檢疫民眾的方式，每天詢問機組員檢疫期間的健康狀況。

勞動部次長劉士豪表示，間隔5天才能出勤的規定是日前有疏運旅客的需求，現在航班數大幅減少，空服員值勤壓力和頻率已經降低，應該有足夠的休息時間。