機場於跑道終點需保留特定長度的跑道安全區域，使飛機於突發狀況必須採取迫降或放棄起飛時，能有足夠煞停空間以確保人員及飛機安全；裝設攔阻系統可更進一步提升安全性，在發生狀況時可攔住航機避免它衝出去，目前松山機場就有裝設攔阻系統。

南竿機場跑到長路為1580公尺，三面環海且與海平面落差約72公尺，民航局表示，南竿機場相關安全區域均符合規定，不過因為地形特殊，目前飛航該機場的立榮航空，也規定起降須由正機師來操作。

雖然機場符合相關規範，不過業者仍建議希望能夠建置攔阻系統，民航局表示，站在機場提供更好的設施來輔助航機起降的立場，業者提出反應後就有進行研究，目前確定於南竿機場兩端裝設攔阻系統具有可行性，且裝設後能夠讓機師心理更加安定，提升起降安全性。

另外，民航局對於北竿機場也著手進行長期改善的規劃，包含要填海造陸增長跑道長度，及建置儀器降落系統（ILS）等。民航局表示，未來已確定選擇北竿機場做完整改善，將從從111年開始進行相關改善，預計需要花費10年的時間才能完成，後續待機場改善完成，馬祖南、北竿兩個機場就只會留下北竿機場。

對於未來南竿機場要停用，是否還有興建攔阻系統的必要性，民航局表示，安全是無價的，且現在裝設還可以使用好幾年，應該有裝設的必要性。

立榮航空表示，受到地形的影響，南北竿機場周邊地障及臨近海岸所帶來的霧氣，都會影響機場的起降，且由於受限腹地的關係，跑道長度及寬度都比台灣本島機場來得窄短，飛行員必須精準的控制好飛機的速度、下滑道的維持、下降率的高低及飛機的姿態，降落在預設的觸地區域，並安全地將飛機在跑道的長度內停下來，無論南北竿機場，航機操作更要謹慎。

另外，南竿機場處於地勢較海平面高約220呎的位置，北方過來的風在通過較高的地形後吹向跑道，在風速及風向的擾動下，航機接近跑道頭時，特別容易受到亂流的影響。這樣的特性在飛行操作上要更加注意，若是遇到過於激烈的亂流導致航機進場不穩定，應該立刻執行重飛來維持航機的安全，所以遵守操作標準是很重要的。

因此，曾反映南竿機場風切狀況影響航機操作，建議設置工程材料攔阻系統（EMAS），將可有效攔截航機，當航機有衝出跑道疑慮時，及在地形及風速的影響下，提升南竿機場的安全裕度。民航局確定要建置，一定能更加提升南竿機場起降安全。