指揮中心規定，明天起，前往澎湖、金門、馬祖旅客，抵達機場時均須填寫「嚴重特殊傳染性肺炎國內線航班旅客健康聲明書」一式2份，交航站人員檢視，並配合實聯制及量體溫，有症狀者須接受核酸檢測、不得登機，搭機前14天內有疑似症狀者須接受快篩，採檢陰性才允許登機。
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民航局表示，松山、台中、嘉義、台南、高雄等5處有航班往來澎湖、金門與馬祖等離島的機場，經指揮中心核定後，已經設置篩檢站，並備妥防護裝備及篩檢試劑，明天起啟動相關作業。

民航局提醒旅客，為讓篩檢作業順利進行，明天開始，前往澎湖等離島航班，將暫停受理旅客網路報到，旅客必須於現場櫃台或自助報到櫃台（Kiosk）辦理報到並繳交健康聲明書。

民航局說，為免篩檢旅客過多影響航班起降或其他旅客行程，華信、立榮兩家航空公司都會透過官網與簡訊通知旅客於航班起飛前90分鐘至機場報到，並攜帶身分證及健保卡，請旅客留意相關資訊並配合，以免延誤搭機。