媒體《CNBC》報導，美國智庫「戰略預測公司」 (Stratfor) 副總裁司徒華 (Scott Stewart) 指出，之所以聖戰士與其他恐怖主義團體都沒出面，很有可能是因為這起空難係單純的意外事件，由於事出突然，導致機長來不及發出求救訊號。

然而，司徒華指出還有另種可能性，也就是這班自巴黎飛往開羅的班機確實遭受恐怖攻擊，但恐怖主義團體可能別有目的、抑或開發出新型恐攻手法，欲製造更大的恐攻效應。

而這過去確實曾發生過。戰略預測公司上週末指出， 1994 年菲律賓航空 (Philippines Airlines Flight) 434 號班機的爆炸事件便沒有任何恐怖分子出面，係因策畫者有意將改良過的同型爆炸裝置，運用在更大規模的恐攻上。對此，司徒華表示：「若恐怖分子確實有新發展，在下一次達到更大規模恐攻之前，他們是不會輕易露面。」

除了菲律賓航空爆炸事件之外， 1988 年泛美航空 (Pan Am) 103號班機的爆炸事件，也花了英美當局 3 年的調查時間，才確認這與利比亞情報當局有關。

然而，空難事件調查曠日費時，就現下來看，仍難以斷定這此空難成因。根據埃及國營媒體《Al-Ahram》指出，當局指出空難初步調查報告至少得花上 1 個月才會出爐。

美國曼徹普立敦大學 (Metropolitan State University) 的教授 Jeffrey Price 也認為，恐怖組織有可能是為了下次恐攻布局，因而選擇噤默。不過， Price 指出，這種作風不似「蓋達組織」 (Al Qaeda) 或「伊斯蘭國」 (ISIL) ，係因這些恐怖組織均希望最大程度攫取媒體注意力。

埃及航空 MS804 號班機墜毀失事後，埃及多位官員便將罪魁禍首指向恐怖分子，而美國情報來源也暗示恐攻的可能。然而，專家們對此則持保留態度，係因飛機墜毀前機艙曾冒出濃煙，或進一步導致失事。