凌天航空的空難意外迄今有五件，詳列如下。

1999年11月29日，希勒UH-12型直升機由高雄市旗山區起飛，沿著高屏溪向南進行農藥噴灑任務，經過高屏溪攔河壩集水區時落水墜毀，1名駕駛罹難。

2001年9月3日，貝爾206B3型直昇機由台中市水湳機場起飛，執行台灣電力公司委託清掃電塔礙子作業，途中勾到電塔電纜墜落失事，兩人罹難。

2014年12月18日，貝爾206B3型直昇機由彰化市起飛，執行台灣電力公司電塔礙子清掃作業，直昇機發出警告聲響，失去動力，緊急降落後，發現起落架斷裂、尾桁受損，兩人傷。

2015年11月22日，貝爾206B3型直昇機由新北市林口區臨時起降場起飛，執行台灣電力公司電塔礙子清洗作業時，疑勾到電塔電纜墜落失事，機上兩名人員皆罹難。

2017年6月10日，直升機B31118在為「看見台灣2」勘景時，墜毀在花蓮，已知直升機上包含導演齊柏林等三人罹難。