總統府侍衛室利用蔡英文總統搭乘華航專機出訪之便，非法向華航訂購了上萬條免稅菸，並違法寄放在華膳保稅倉庫，直到總統22日返抵國門禮遇通關時，才趁機將菸品放入非法駛入管制區的公務車中，意欲蒙混入境，不料遭守候多時的檢調單位當場人贓俱獲。

涉及非法供貨、存貨及運貨的華航則在交通部長林佳龍強力施壓下，終於在28日公布了2006年以來的總統專機菸品銷售紀錄。對此，林佳龍29日前往台中后里舊泰安火車站視察舊山線復駛計畫時受訪表示，誠實是解決問題最好的方法，也是華航重拾社會信心的開始。他說：『(原音)誠實是解決問題最好的方法，也是華航重拾社會信心的開始。那我也看到華航從一開始比較抗拒，然後到現在配合，終於公布了從2006年到這一次，所有的總統專機、有關於這個菸品採購的違法的相關的一些可能涉及的證據，釐清真相之後，我們才能夠進行改革。』

此外，林佳龍也在臉書上表示，從2006年9月迄今，華航共執行了26次總統出訪任務，其中菸品銷售破千條的共9次，除了2010年10月的久博專案外，其他8次都出現在2014年6月以後；換言之，在2014年6月以後，菸品數量破千條成為常態。

林佳龍質疑，這個關鍵轉折點是發生什麼事？真的只有菸稅的因素？還有沒有其他不為人知的原因？他也要求華航主動追查，務必給社會大眾一個交代。同時要求華航在不違反偵查秘密的原則下，以公開透明、負責任的態度，掌握事實就公布讓社會了解，才能化危機為改革的契機，政府也會一起面對，共同解決這個共犯結構以及長年來的陋習。