三航廈總預算從746億增加到789億元，如今桃機再追加到979億元，除了直接工程費增加124億元，還回補前年底遭砍的工程預備費、物價調整費、設計服務費51億元，但東側多功能大樓仍未加回來；工期則從52個月增加到60個月；簡化設計將取消817組天窗、減輕屋面組成等。

對於過去三次流標，桃機對外指稱是因雲頂天花板設計複雜。曾參與三航廈評估團隊表示，當年為了讓營造建設留在國內，英國設計團隊設計時，桃機找廠商先做模型，雲頂天花板在觀音、台中都有做出來，代表台灣設計能力沒問題，「關鍵是在錢。」

一名桃機人士形容，交通部有如「一顆巨大的石頭」。他直言，造成第三航廈難產的最大阻礙就是交通部，又想蓋出國際標竿建築，又不希望經費太多，「又要馬兒跑、又要馬兒不吃草」，過去不斷壓縮、美化預算；去年中桃機第二度要求增加經費時，交通部一度喊出要與總顧問解約，但總顧問早在2017年就提醒可能超出預算，交通部卻絲毫不理。

該名人士指出，去年桃機喊出「簡約設計」被質疑，交通部一面要求維持設計師理念、不能大改，在增加預算上卻不斷卡關，「到底要標竿機場，或是蓋成Costco」，交通部陷入無法決策的困局。他指出，對比前瞻計畫各項軌道工程，桃機的工程風險與難度都相對更高，如經費沒誘因，誰來都不容易突破現有障礙。後續還有第三跑道用地徵收，恐怕也遙遙無期。

此外，知情人士說，三航廈最大問題在缺乏廠商，從頭到尾只有一組，也讓議價空間變小，但參與相關工程，至少要訪查三家以上，桃機當年就曾市場訪查，知道雲頂天花板約17億元，但營造商報出兩倍價錢，經過協商才定案是17億。他表示，或許桃機修正案這次卡關是因細項沒說清楚，但更大的可能是「交通部長、桃機董事長長期不能彼此信任，才是最大原因。」

交通部表示，仍要維持原設計精神，但細項可檢討，若桃機要增加經費，須釐清數量及單價增減落差及工程細項，不能只以廠商報價、市場行情為由來估算，否則難說服行政院，社會也無法接受。